พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดให้สร้างพระเจดีย์รูปสำเภาขึ้นที่วัดคอกกระบือ แล้วพระราชทานนามใหม่ว่า วัดยานนาวา การสร้างเรือสำเภาจำลองขึ้นมานั้น เป็นพระราชประสงค์ของพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๓ ที่พระองค์ต้องการจะสร้างพระสถูปเจดีย์ขึ้นที่วัดนี้ เพื่อเป็นอนุสรณ์ในการที่พระองค์ทรงใช้เรือสำเภาขนส่งสินค้าไปทำมาค้าขายถึงเมืองจีนและประเทศต่างๆ นับว่าเป็นสายพระเนตรอันยาวไกลของพระองค์ท่านที่ทรงมีพระราชดำริว่า ต่อไปในภายหน้าคนรุ่นหลังอาจไม่รู้จักเรือสำเภาจีนก็เป็นได้ เนื่องจากเรือยนต์แบบที่เรียกว่าเรือกำปั่นเข้ามาในสยามมาก และเรือสำเภาซึ่งกำลังจะหมดไปจากเมืองไทย
ประกอบกับพระองค์ทรงรำลึกใน "พระธรรมเวสสันดรชาดก" ตอนที่พระเวสสันดรทรงตรัสเรียกกัณหาและชาลีให้อุทิศตน เพื่อร่วมกับพระบิดาสร้างมหากุศล อันจักเป็นเสมือนเรือสำเภาใหญ่พามนุษย์ชาติข้ามโอฆะสงสารไปสู่พระนิพพาน จากพระราชประสงค์นี้เอง จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สร้างพระสถูปเจดีย์แบบใหม่ขึ้น เป็นสำเภาจีนมีพระเจดีย์ ๒ องค์อยู่บนเรือ พร้อมกับทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ราชทานนามจากวัดคอกกระบือเป็น "วัดญาณนาวาราม" มีความหมายว่า "ญาณอันเป็นพาหนะดุจดั่งสำเภาข้ามโอฆะสงสาร" ต่อมาภายหลังชื่อจึงได้เปลี่ยนมาเป็น "วัดยานนาวา" ที่มีความหมายใกล้เคียงกับชื่อเดิมคือ "วัดอันมีพาหนะดุจสำเภาในการที่จะนำพาเวไนยสัตว์ให้ข้ามพ้นโอฆะสงสาร" ปัจจุบัน เป็นพระอารามหลวงชั้นตรี ชนิดสามัญ